1945年8月15日，日本投降，而盟军东南亚战区最高统帅路易斯·蒙巴顿则命令日军不得将权力交给印尼任何党派。在日本投降仅两天后的8月17日，深具影响力的印尼民族党领导人苏加诺宣布印尼独立，成立印度尼西亚共和国，苏加诺出任总统。 1945年9月29日，依据波茨坦会议决定，同盟国派英国军队登陆荷属殖民地接受当地日军的投降，而荷兰军队也在10月中重返印度尼西亚。

　　1945年10月28日，英军在泗水与印尼「青年组织」发生严重的武装冲突。1946年11月下旬，英国军队从印度尼西亚完全撤退。在1947年1月，荷兰军攻击了东面爪哇。同年7月21日，12万的荷兰军在印度尼西亚全境进攻，宣称其为恢复殖民地秩序的「警察行动」（Aksi Polisionil）。

　　苏加诺领导的军队放弃了都市部，在农村部进行游击战。在1948年12月19日，荷兰军在印度尼西亚全境再次进攻，让临时首都日惹陷落，并逮捕苏加诺、哈达等共和国领袖。荷兰当局则试图重建政权，但面对国际压力及谴责，且与印度尼西亚战争消耗了荷兰的经济。在美国的斡旋下，1949年印度尼西亚与荷兰在海牙举行会议并达成协议。冲突于1949年12月结束，荷兰承认印度尼西亚独立（不包括荷属新几内亚，该地区由于1962年的《纽约协定》及1969年《自由选择法》而并入印度尼西亚）。

　　苏加诺主政期间，印尼在医疗、教育和文化方面取得了一定进步，民族自尊心大大加强，但在民主发展和经济方面却十分失败。苏加诺力主奉行不结盟运动，倾向伊斯兰社会主义，与中国关系密切。他主张“大印度尼西亚”，把马来亚、新加坡、沙巴及砂拉越视为印度尼西亚的一部分。他在1962年指“马来西亚是新殖民地产物”，1962-1966年间支持砂拉越以当地华人为主的共产党游击队，反对马来西亚建国，导致印度尼西亚与马来西亚关系恶化，也导致印度尼西亚在1965年1月到1966年9月之间暂时退出联合国。

　　自建国后，苏加诺一直实施独裁统治，藉由平衡军方反对势力及印度尼西亚共产党维持其权力。 1965年9月30日印度尼西亚发生了“九·三〇”事件，部分印度尼西亚军方高层意图推翻苏加诺政权，后事情败露被处决，军事强人苏哈托镇压叛军后掌握大权，此后苏哈托组织部队进行反共清洗和推翻苏加诺，印度尼西亚共产党被指控策动政变而受重创，印尼共产党人及百姓约50万人被杀害。 1967年2月，苏加诺被解除总统头衔，由苏哈托出任代理总统。 1968年，军队司令苏哈托正式出任总统一职。

　　苏哈托的“新秩序”获得美国政府支持，促进对印度尼西亚的外商直接投资，成为之后30年印度尼西亚经济实质成长的重要因素，然而独​​裁倾向的「新秩序」被指责用以贪污及压制反对势力。1997年，印尼于亚洲金融风暴经济遭受重创，引发大规模对「新秩序」政策的不满，印尼人纷纷走上街头示威抗议，迫使苏哈托于1998年5月下台，结束32年执政。

　　1999年，东帝汶举行公投决定独立，也结束了25年来印度尼西亚备受国际谴责的军事占领。苏哈托下台后，民主化进一步巩固，包括地区自治，并于2004年进行首次总统直选。政治及经济上不稳定、社会动荡、贪污及恐怖主义延滞了民主化进程，但于近年来经济情况有所好转。虽然在不同宗教及种族间尚称和谐，但仍有各教派间的不满及暴力事件发生。与亚齐分离主义的冲突也于2005年告一段落。